Начало сюжета ведется на момент начала шипудена, в списке ниже приведены основные хронологические события великих стран шиноби, для тех, кто забыл, что в тот момент творилось в мире.
Помимо основной ветки игры и квестов, имеется альернативная реальность - мир Вечного Цукиеми.

Страна огня
Конохагакуре но Сато

С момента ухода Наруто из Конохи прошло уже два долгих года. По началу казалось, что деревня вздохнула спокойно, но в то же время в столь опасный период было достаточно расточительно отпускать джинчуурики. Слухи об Акацки пока казались всего лишь слухами, но вдруг преступная организация наконец покажет зубы? Ведь в данный момент девятихвостый был достаточно легкой добычей, если бы не Джирайя.
Политическая обстановка в стране огня была достаточно стабильной, не смотря на агрессию Ивы, Коноха не планировала участвовать в каких-либо конфликтах и держалась особняком от гневных обвинений Ооноки.
Возвращение в деревню джинчуурики девятихвостого стало достаточно громким событием, многие были рады увидеть поврослевшего и возмужавшего Узумаки. Тем временем, под общий аккомпанемент торжества возвращения, приходит новость от Суны - Гаара похищен преступной организацией Акацки и те собираются извлечь из него Шуукаку. Высланная подмога из Конохи ценой потерь, в тяжелой битве, сумела спасти Гаару и, несомненно, наладить натянутые отношения с песками, что пророчило прекрасное совместное будущее страны Огня и Ветра.
С возвращением Узумаки команда №7 была переформирована и в новом составе они были готовы отправиться по случайно обнаруженным координатам логова Орочимару...

Страна ветра
Сунагакуре но Сато

После разгрома Конохи во время Чунин Шикен, в котором принимала участие Суна в альянсе с Ото, позиция страны Ветра на политической арене мира пошатнулась. Однако избрание нового Казекаге, которым стал Гаара, послужило на пользу деревне. В результате переговоров с Цунадэ между деревнями был заключен союз, что способствовало укреплению изначально слабой экономики селения. К несчастью, жители деревни все еще проявляли недоверие к новоиспеченному Казекаге; в том числе и среди совета Суны ходили разговоры о том, что Гаара еще слишком юн и неопытен, да к тому же представляет опасность, ибо является джинчурики - все они помнили те времена, когда Шукаку выходил из под контроля, и только Расе удавалось его усмирить. Тем не менее, решение уже было принято, и пятый Казекаге стал стражем песочных долин, однако пройдет еще немало времени, прежде чем он станет символом новой надежды для своего народа.
Но вместе с большой должностью всегда приходят большие неприятности, нападение Акацки на деревню не прошло бесследно. Не смотря на то, что Кадзекаге всячески защищал деревню и её жителей, некоторые районы все таки пришлось восстанавливать. А статус кадзекаге в народе укрепился.
Благодаря налаженным отношениям с Конохой, Суна процветает в экономическом смысле, деревня набрала новые обороты развития и теперь её сложно назвать самой слабой деревней страны шиноби.

Страна воды
Киригакуре но Сато

Переворот в деревне Скрытого Тумана уже давно остался на страницах истории, однако прозвище, полученное во времена правления Ягуры - "Кровавый Туман", ушло из всеобщего обихода относительно недавно. Нынешний лидер селения - Тэруми Мэй, сделала всё возможное, чтобы стереть данный позор, а также приложила не мало усилий, чтобы наладить потерянные взаимоотношения с другими селениями.
Правление старого Мидзукагэ и эра кровавого тумана оставила неизгладимый след на истории Киригакурэ, более того, они утратили основу своих боевых сил: Семерых мечников Тумана, вместе с их удивительными мечами. С пришествием к правлению Теруми Мэй деревня преобразилась, её строгая и агрессивная политика быстро стирала все воспоминания о правлении Ягуры, отстраивая деревню заново. Кири и правда расцвела, даже не смотря на свою закрытость и отчужденность от других стран. В данный момент Мэй не контактирует с другими странами, она занята собственной деревней и её благополучием, а так же восстановлением семерки Тумана, ведь в её сердце закралось предчувствие чего-то нехорошего.

Страна молний
Кумогакуре но Сато

Кумогакуре, известная своей агрессивной внешней политикой, на время свернула операции по похищению джинчурики, секретов кеккей генкаев и киндзюцу других селений. Йоцуки Эй направил все свои силы на процветание собственной деревни и урегулирование мелких конфликтов на территории страны Молнии. Однако Каге прочих скрытых селений, зная воинствующий характер Райкаге и его импульсивность, были уверены в том, что затишье на холодном фронте лишь временное, а потому не снижали бдительности - и не даром. Джинчурики Ниби, Югито Нии, была похищена. Разгневанный Эй искал виноватых, искал тех, кто посмел украсть его оружие. Но ответ для него стал неутешительным, по данным разведки это была некая организация, именующая себя Акацки. Эй не знал на кого спустить свой гнев и обвинил во всем Иву, известную своим сотрудничеством с Акацки. Обстановка между двумя станами накалилась до предела.

Страна земли
Ивагакуре но Сато

На данный момент страна Земли занимает позицию экономической стабильности, однако во внешней политике дела обстоят не так гладко. Вражда с Конохой сохранилась со времен нападения Мадары на Му и Ооноки. Позже, Ивагакуре испортило отношения со всеми великими нациями. Затяжные пограничные столкновения с Сунагакуре привели к укреплению ненависти между жителями селений на многие годы. Гибель Нидайме Тсучикаге и Нидайме Мизукаге от рук друг друга разожгла конфликт между Ивой и Кири, который на текущее время выражается в полном отказе от сотрудничества и презрении к стране Воды и ее жителям. Участие во Второй мировой войне против Конохи и Суны лишь подкрепило неприязнь к этим скрытым селениям. После унизительного поражения от Намикадзе Минато во время Третьей мировой войны шиноби, Ооноки дал слово уничтожить Коноху любой ценой. Более того, Кумо предъявило Иве свои обвинения в сотрудничестве с Акацки и похищении двухвостой.
В отличие от других скрытых селений, Ивагакуре планирует использовать в возможной войне все свои силы, в том числе и джинчурики. Разыскивается Хан, из которого извлекается биджу, после чего мужчина погибает. Новым носителем хвостатого зверя становится неизвестный шиноби. Учитывая, что в былые годы Ивагакуре довольно часто нанимала преступную организацию Акацки для различных целей, Ооноки решает обрести преимущество в новом конфликте за их счет.